Die Meinungsbildung und Entscheidungsfindung im Bund finden in drei Gremien statt: Bundesvertreterversammlung, Hauptvorstand und Präsidium.
Die Bundesvertreterversammlung ist das höchste meinungsbildende Organ des BHDS. Es setzt sich aus den Mitgliedern des Hauptvorstandes und den Delegierten der Bruderschaften zusammen. Die Bruderschaften haben in der Bundesvertreterversammlung je angefangener 100 gemeldeter Mitglieder eine Stimme. Hauptaufgaben sind u.a. die Beratungen zum Jahresabschluss und Planung des Etats, sowie die Änderung des Statuts und seiner Anhänge. Zur Prüfung des Rechnungswesens bedient sich die Bundesvertreterversammlung zweier gewählter Kassenprüfer.
Der Hauptvorstand setzt sich aus den Bezirksbundesmeistern als Vorsitzenden der Bezirksverbände, dem Präsidium, Bundskönig und Bundesprinz sowie den Diözesanjungschützenmeistern, -präsides, -schießmeistern und -fahnenschwenkermeistern zusammen. Im Hauptvorstand werden wichtige Entscheidungen für die Bundesvertreterversammlung vorbereitet und die entsprechende Stimmungslage der Bruderschaften zu diesen Themenkreisen erfragt. Aufgaben des Hauptvorstandes sind die Wahlen zu den Gremien des Verbandes und die Genehmigung größerer Rechtsgeschäfte des BHDS.
Das Präsidium ist das Leitungsgremium des BHDS. Die unterschiedliche Art der Bestellung der Mitglieder zeigt auf, dass hierbei eine weitgehende gleichverteilte Besetzung innerhalb der Diözesanverbände angestrebt ist und damit alle regionalen Gesichtspunkte ihren Einfluss haben sollen: Der Hochmeister, die Mitglieder des geschäftsführenden Vorstandes (Bundesschützenmeister, stellv. Bundesschützenmeister und Bundesschatzmeister), die Vorsitzenden der Ausschüsse und der Bundesschiessmeister werden durch den Hauptvorstand gewählt.
Der Bundesjungschützenmeister, der gleichzeitig dem geschäftsführenden Vorstand angehört, und sein Stellvertreter als Vorsitzende des Bundes der St. Sebastianus Schützenjugend (BdSJ) sind geborene Mitglieder des Präsidiums. Die Diözesanbundesmeister, als Vorsitzende der Diözesanverbände sind durch ihr Amt geborene Mitglieder des Präsidiums. Je Diözesanverband werden bis zu zwei Diözesanvertreter ins Präsidium entsandt, die i.d.R. durch den Diözesanbruderrat bestimmt werden.
Der Bundespräses wird aufgrund der kirchenrechtlichen Bestimmungen, denen der BHDS als katholischer Verband unterliegt, durch den Erzbischof von Köln ernannt. Das Präsidium besorgt alle Angelegenheiten des BHDS, soweit diese nicht dem Hauptvorstand, der Bundesvertreterversammlung oder dem Geschäftsführenden Vorstand vorbehalten sind. Zu den Aufgaben des Präsidiums gehören insbesondere die Aufnahme neuer Mitglieder in den BHDS, die Verleihung von Auszeichnungen des BHDS, die Verleihung von Ehrentiteln des BHDS und die Vergabe von Bundesveranstaltungen.
Der geschäftsführende Vorstand führt im Auftrag des Präsidiums alle verbandlichen Aufgaben des BHDS durch. Zur Erfüllung ihrer Aufgaben bedienen sich Vorstand und Präsidium der Bundesgeschäftsstelle. Zurzeit sind in der Bundesgeschäftsstelle drei Mitarbeiterinnen tätig, deren Fachvorgesetzte die Leiter der Bundesgeschäftsstelle sind.
Das Präsidium